結論から書くと下記の通りのコマンドでいける
ffmpeg -protocol_whitelist file,http,https,tcp,tls,crypto -i input.m3u8 -movflags faststart -c copy output.mp4だたm3u8の中が相対パスで書かれていた場合はフルパスに書き換える必要がある
そんな時はエディッタで置換してやると早い
FFMPEGは本当に便利だけどコマンドでの操作が必要なためか倦厭されがちだけど使い慣れると動画や音楽触る時には便利なので是非使ってみてください
FFMPEGは下記からダウンロード